Dnes používaný spôsob vykazovania akruálnych daní pomocou metódy časovo posunutého hotovostného plnenia má v prípade nadmerných odpočtov DPH nedostatky. Fixné posunutie nadmerných odpočtov o tri mesiace za určitých okolností neodráža ekonomickú realitu. K tomu dochádza z titulu legislatívnych zmien, špeciálneho režimu pri vyplácaní nadmerných odpočtov štvrťročným platcom DPH, bežnej kontrolnej činnosti finančnej správy a zámerného ovplyvňovania kontrolnej činnosti z strany MF SR ku koncu roka. IT problémy na FS SR na prelome rokov 2011 a 2012, ktoré spôsobili neschopnosť FS SR vracať v zákonných termínoch nadmerné odpočty, len zvýraznili vyššie uvedené problémy.

Možným riešením tohto problému je spresnenie aktuálnej metodiky. Pre to je potrebné čo najpresnejšie priradiť nadmerné odpočty k obdobiam, s ktorými ekonomicky súvisia (FS SR napáruje výplaty nadmerných odpočtov na konkrétne daňové priznania a tak umožní presné rozdelenie mesačných hotovostných nadmerných odpočtov do zdaňovacích období s ktorými ekonomicky súvisia). To bude vyžadovať stabilné a spoľahlivé informácie zo strany FS SR.